В настоящее время доказано, что вирус папилломы человека является онкогенным. Разные типы вируса отличаются по степени риска развития онкологического заболевания. Различают вирусы низкого (6, 11, 34, 35, 40, 42–44, 53–55, 61, 62, 70, 71, 74-го типов) и высокого канцерогенного риска (16, 18, 31, 33, 45, 51, 52, 58, 35, 59, 56, 39, 66-го типов). Перечень типов ВПЧ высокого онкогенного риска расширяется за счет уточнения строения ДНК и появления новых типов промежуточного риска. Не исключено, что масштабы распространения и онкогенный потенциал редких типов ВПЧ (59, 61, 62, 70, 73 и др.) до сих пор недооценивались при развитии предраковых и раковых поражений гениталий.

Вирусы папилломы человека высокого онкогенного риска (16,18 и др.) вызывают дисплазию и рак половых органов (шейки матки, вульвы, влагалища, полового члена), злокачественные поражения гортани, промежности и заднего прохода.      
В организме человека ВПЧ способен существовать как в свободной, так и в интегрированной форме. При включении вирусной ДНК в ядерный материал клетки хозяина, говорят об интеграции в клетку. Только интегрированная форма ВПЧ способна к злокачественной трансформации, так как вирусная ДНК осуществляет контроль над клеточным генетическим материалом. Неинтегрированная инфекция является продуктивной инфекцией, так как в этом случае производятся неповрежденные вирусные частицы.  В случае интеграции ДНК ВПЧ вирусные частицы не производятся, и это называется непродуктивной ВПЧ-инфекцией. Продуктивная инфекция приводит к образованию остроконечных кондилом, которые имеют очень низкую вероятность развития в предрак или рак. Гораздо более опасными являются непродуктивные плоские кондиломы, которые обычно не видны невооруженным глазом