Возбудителем гонореи является болезнетворный микроорганизм - гонококк. 

Гонококки - это грамотрицательные бактерии, не образующие спор. 

Латинское название этого микроорганизма — Neisseria gonorrhoeae, по имени немецкого дерматовенеролога Альберта Нейссера (Albert Neisser), который впервые описал гонококки в 1879 году. 

Гонококки относятся к диплококкам - то есть имеют округлую форму (кокки) и обычно встречаются парами. 

Под микроскопом гонококки представляют собой неподвижные бактерии бобовидной или кофейной формы, обращенные друг к другу вогнутой поверхностью. В сканирующем электронном микроскопе гонококки имеют вид шаровидных или диплококковых образованией со слегка бугристой поверхностью. Их длина составляет от 1.25 — 1.6 мкм, поперечные размеры — 0.7- 0.8 мкм. Гонококки хорошо окрашиваются всеми анилиновыми красителями.

В процессе изучения тончайших срезов данных бактерий, у них выявлена клеточная стенка, цитоплазматическая мембрана, цитоплазма с рибосомами, мезосомы и нуклеотид с нитями ДНК. На поверхности гонококков выявлены тонкие трубчатые нити (пили), которые помогают возбудителю проникать в организм и обеспечивают ряд других биологических свойств. В частности, пили играют заметную роль роль в передаче генетической информации, например об устойчивости к антибиотикам.  

Гонококки растут на искусственных питательных средах в присутствии человеческого белка (асцитический агар) при температуре 37 °С. 

Гонококки выявленные в отделяемом уретры отличаются по строению от полученных путем выращивания на агаре. Например, при пересевах гонококков на искусственные питательные среды, бактерии довольно быстро утрачивают пили.

У ряда штаммов гонококков, эти микроорганизмы снаружи окружены капсулой из полисахаридов, что позволяет им избежать поглощения и разрушения лейкоцитами.

Важнейшим свойством гонококка является антигенная изменчивость. Это означает, что у этих бактерий постоянно меняются антигенные детерминанты. Т.е. с каждой сменой популяции и даже на протяжении периода жизни одной популяции гонококков, происходит и смена их антегенной структуры. Частично это связано с тем, что основную антигенную нагрузку несут пили и поверхностные белки клеточной стенки, а также со способностью гонококков к взаимной передаче генетической информации.при непосредственном контакте двух клеток.

Под влиянием ряда факторов, в первую очередь антибиотиков, гонококки могут менять форму, способность воспринимать окраску и биологические свойства. 

Иногда гонококки трансформируются в так называемые «L-формы» — шаровидные, имеющие различную величину и окраску.  L-формы весьма устойчивы по отношению к негативным воздействиям. Утратив часть своих антигенных свойств, они становятся нечувствительными к антителам и лекарственным препаратам, вызвавшим их образование. Сохранение в организме L-форм затрудняет диагностику и лечение гонореи, способствует способствует выживанию инфекции в организме и возникновению рецидивов.

Вне человеческого организма гонококки быстро погибают. На них губительно действуют антисептические препараты, мыльные растворы, высушивание или прямые солнечные лучи. 

Гонококки не переносят нагревание до температур свыше 56°С; при 42°С гонококки погибают за 5-15 часов. Быстрее всего гонококк гибнет при воздействии ультрафиолетового облучения и инсоляции (за 30-60 минут). Температуру ниже оптимальной гонококки также переносят плохо и быстро погибают при 18 °С.  

Гонококк может длительно сохранять жизнеспособность после высушивания из замороженного состоя­ния; длительно переносит замораживание (-20-70°С), но гибнет при повторном замораживании и оттаивании.