К сожалению, в большинстве случаев любая симптоматика заболевания попросту отсутствует или протекает малосимптомно. Проявление болезни возможно лишь в некоторых случаях, и только тогда есть возможность воздействия бактерий на организм. Зачастую, симптомы микоплазмоза у женщин связаны с тянущими болями внизу живота, слизистыми выделениями из влагалища и зудом , жжением в процессе мочеиспускания. Также во время заболевания существенно усложняется сексуальная жизнь, что проявляется в дискомфорте и даже болезненных ощущениях при половом контакте. 

У мужчин симптомы являются схожими. В данном случае также присутствуют боли,выделения из уретры (преимущественно утром), а также неприятные ощущения при мочеиспускании. Если микоплазмы доходят до предстательной железы, то это может вызвать её воспаление, что в итоге приводит к простатиту. В редких случаях возможно воздействие микоплазм на яичко, что сопровождается его отёками, покраснением и увеличением в размерах,болью.(эпидидимит, эпидидимоорхит) 

Выше описанная симптоматика может проявляться и в некоторых других видах урогенитальных инфекций, что вызывает определённые трудности в процессе диагностики.